Syddanmark hæver sig mindre end havet stiger, derfor oversvømmes landområderne her. Det er en proces, der har stået på, siden gletsjerne mod slutningen af sidste istid smeltede bort, og iskappens enorme tryk forsvandt. Så mens det sydøstlige Danmark endnu var dækket af is, begyndte Nordjylland at hæve sig. Bortsmeltningen af isen betød, at havet også begyndte at stige. Denne havstigning vandt i første omgang over landstigningen og et ishav, Yoldiahavet, trængte ind vestfra og overskyllede morænelandskaber i Vendsyssel, så kun de højeste områder ragede op som øer. Landhævningen fortsatte imidlertid, og i løbet af de næste årtusinder blev det nuværende Jylland ikke alene landfast med øerne, men også med England. Da så også isskjoldene i Nordamerika smeltede, steg vandstanden igen så meget, at landhævningen blev overhalet. Det resulterede i, at et nye hav, Littorinahavet eller Stenalderhavet, for 6000-7000 år siden forvandlede hele det nordlige Jylland og Djursland til et ørige. Derefter tog landhævningen igen føringen og skabte det land, vi kender i dag.
I Danmark var der imidlertid stadig bevægelser i jordskorpen. Nordjylland og Nordsjælland løftede sig fortsat over havet, mens den sydlige del af Danmark blev oversvømmet – denne ujævne landhævning, hvor det kun er den nordlige del af landet, der har relativ landhævning, fortsætter endnu i dag. Nord for en linje fra Nissum Fjord til Falster stiger landet, og her ser man i dag utallige eksempler på hævet havbund, marint forland og gamle kystlinjer som tilgroede klinter og strandvolde langt inde i landet. Da den sydlige del af landet oversvømmes, findes mange druknede kyster her, der i dag ligger flere meter under havet. Det Sydfynske Øhav er således et af Europas største druknede morænelandskaber.
I den sammenhæng er det interessant, at marsken i Vadehavet, der jo ligger i det sydvestlige Danmark, faktisk har kunnet følge med den relative vandstandsstigning og endog vokse sig højere. Marskoverfladen er hidtil vokset opad med omkring 2,5 mm om året. Så mens Det Sydfynske Øhav, dele af Smålandsfarvandet og istidslandskaber i Sydvestdanmark langsomt drukner, er marsken hidtil vokset på grund af helt særlige forhold i Vadehavet – nemlig tidevandet.
Det Sydfynske Øhav og Smålandsfarvandet er eksempler på delvist druknede istidslandskaber, hvor dale ligger under vand, og kun bakketoppe stikker op som øer. Det Sydfynske Øhav omkranses af Langeland, Ærø, Tåsinge og Fyn og består af adskillige mindre og få større øer. Før Stenalderhavets tid udgjorde Det Sydfynske Øhav et sammenhængende landområde. Ved havstigningen i Stenalderen blev en forholdsvis stor del af dette landområde oversvømmet. Smålandsfarvandet eller Smålandshavet, som det også kaldes, er havet mellem Sjælland og Møn, Falster og Lolland. Mod vest grænser det op til det dybe Storebælt; adskilt ved en række lavvandede rev, grunde og flak, der flere steder kun har to meter vand over sig. Mod øst, i de smalle farvande, er der naturlige sejlrender, fordi den kraftige strøm graver sig dybere og dybere ned i havbunden. Smålandsfarvandet er væsentlig større end Det Sydfynske Øhav, og flere af øerne i den vestlige del er ganske store. Hele området er dannet af den sidste is, der gled hen over Danmark i et fremstød, det skød op fra sydøst mod nordvest. Dengang udgjorde de nuværende øer dele af et sammenhængende morænelandskab.
Det Sydfynske Øhav og Smålandsfarvandet har fået deres nuværende udseende i perioden fra slutningen af Stenalderen til i dag, hvor oprindelige landskaber og bopladser er blevet oversvømmet. Adskillige bopladser fra jægerstenalderfolket og Ertebøllekulturen er fundet under Øhavet på 2-4 m's dybde. Flere af dem er velbevarede med rester af hytter, pagajer og køkkenmøddinger, der indeholder østers, muslinger og strand-snegle. I dag er østers forsvundet fra området, fordi vandudskiftningen er for ringe, og saltindholdet i vandet er faldet.
Det Sydfynske Øhav og Smålandsfarvandet er forholdsvis indelukkede og beskyttede havområder med relativt lav vanddybde. Havområderne er for små til, at vinden kan skabe bølger med kraft nok til at erodere kysten. I stedet bortskylles og fjernes kun de finere del af morænematerialet fra de lave klinter og stenede strande. Det genafsættes som odder og andre landskabselementer på øernes læsider. Derfor indeholder disse danske havområder en enestående mangfoldighed af kystformer, der varierer inden for korte afstande og stadig udvikler sig med nye landskabselementer. Kigger man på kort, der f.eks. er 150 år gamle, kan man se en udvikling i disse ølandskaber. Ikke fordi havstigningen har været markant i dette tidsrum, men fordi der sker en dynamisk landskabelig udvikling i de to havområder, som er små geologisk systemer i sig selv med elementer som drag, krum- og retodder, tanger, vinkelforland og nor.
Vadehavet, som strækker sig fra Texel i Holland til Skallingen i Danmark, er som udgangspunkt et druknet landskab. Ved afsmeltning af isskjoldet fra den seneste istid, blev der aflejret store smeltevandssletter. I tiden umiddelbart efter istiden var det tørt land, som indgik i den landmasse, der strakte sig fra Jylland helt over til England. Det bestod ikke mindst af smeltevandssand og -grus fra den is, der havde ligget over det østlige Danmark. Men som beskrevet tidligere steg vandet i takt med isafsmeltning i Nordamerika, og da landet hævede sig mindre end havet steg, blev det oversvømmet. Vadehavet er det største sammenhængende tidevandslandskab i Verden med ca. 10.000 km² vadeflader, render, sandbanker, klitter, marsk og barriereøer. Det er som sagt skabt på en smeltevandsslette, der hælder svagt mod vest.
I dag er Vadehavet et af de sidste store tidevandsområder på Jorden, hvor naturkræfterne har frit spil, derfor er det også under stadig forandring. Yderst i vadehavslandskabet ligger barriereøer med brede sandstrande og klitter. Bag disse ligger beskyttede laguner med marsk og vader. Det er disse laguner, der kaldes Vadehavet. Omkring to tredjedele af områdets bund tørlægges ved ebbe – altså to gange i døgnet. Det er disse flader, man kalder vader, og dem, der har givet området dets navn. Inderst begrænses Vadehavet af fastlandet. I Danmark består Vadehavet af området mellem halvøen Skallingen, barriereøerne Fanø, Mandø, Rømø og det nordlige Sylt mod vest og baglandskysten, altså fastlandet, der stadig drukner, mod øst.
Forudsætningen for Vadehavet er som antydet kombinationen af en svagt hældende smeltevandsslette, lavt vand, tidevand og barriereøer. Barriereøer dannes, når sand transporteres fra relativt dybt vand ind mod land, hvor det lægges op som en ryg – barrieren. Først bliver sandet aflejret som revler på havbunden. Ved fortsat sandvandring indad vokser revlerne i højden, således at de ved lavvande til sidst bliver tørlagt og ender som langstrakte sandøer, hvor der kan dannes klitter.
Vader er som sagt områder i kystlaguner, der er tørlagt ved lavvande, men ellers vanddækket. De er dannet af finkornede materialer, der aflejres i den øverste del af tidevandszonen, hvor der er tørt ved lavvande og oversvømmet ved højvande. Det aflejrede materiale, som kaldes slik, består af ler, silt, sand, muslingeekskrementer, kiselalger og store mængder af cyanobakterier. Kiselalger er en vigtig faktor for stabiliseringen af det aflejrede materiale. De små, encellede alger, der er omgivet af en slimkappe, findes i hulrummene mellem sandkornene. Under lavvande bevæger de sig op i toppen af sandet og klistrer sandkornene sammen til et slimet overfladelag, der sikrer, at en del af sandet ikke skylles ud igen ved højvande.
Også cyanobakterier spiller en afgørende rolle for vadedannelsen. Bakterierne slutter sig sammen i lange trådformede kolonier, der holdes sammen af en tyk geleagtig skede, hvori mineralpartiklerne tilbagebeholdes, når havvandet skyller ind og ud over vaden. Cyanobakterierne er i stand til at binde luftens kvælstof, der er et af de vigtigste plantenæringsstoffer og kun til stede i havvandet i ringe mængder, så cyanobakteriernes aktivitet er helt afgørende for vadens planteliv. Tilstedeværelsen af salttålende planter fremmer aflejringen af det materiale, som vandet bringer ind over vaderne ved højvande. Pionerplanterne kveller, vadegræs og annelgræs får let fodfæste i mindre forhøjninger på barriereøens østside og fastlandets vestside. Med tiden vokser tuerne sammen, og til sidst dannes en egentlig strandeng – en marsk.
Mennesket har også gennem tiden forsøgt at fremme marskvæksten for at skabe landbrugsland, og store dele af den danske marsk er inddiget i dag. Ved kunstig marskdannelse bygger man såkaldte slikgårde omgivet af lave gærder kaldet fasciner. Inde i slikgårdene graver man et system af parallelle render, hvor det tilførte materiale holdes tilbage. Når dette tæppe af slik er tykt nok, er det på tide at inddige det. Den ældste del af den historiske marsk ligger ca. 20 til 25 km inde i landet i dag. Her taler vi om Tønder Kog og Ubjerg Kog lige syd for Tønder og de store områder Møgeltønder Kog og Højer Kog vest for. Siden fulgte Frederiks Kog og senest og længst ude mod vest Margrethe Kog. Syd for grænsen ses den sydlige del af samme historisk system af diger, der strækker sig fra Leck forbi Niebüll og ud til det yderste dige i den tyske del af Vadehavet.
Indtil højmiddelalderen var det nuværende vadehavsområde stort set landfast med det nuværende Sønderjylland. Gamle kort over Nordfriesland viser et landområde, der strækker sig længere ud i Nordsøen end de nuværende barriereøer med myriader af vadehavsindskæringer, saltenge og marsk. Mod slutningen af Middelalderen indtrådte imidlertid markante vejrforandringer med temperaturfald og perioder med ustabilt vejr, herunder vedvarende regn og storm. Flere svære stormfloder skyllede store landområder væk i marsken, ødelagde byer og oversvømmede marker. En skæbnesvanger stormflod ramte Nordfriesland i januar 1362. Digerne blev brudt, og Rungholt, Nordfrieslands sagsomspundne hovedby, blev skyllet i havet. Da stormfloden lagde sig, havde den skabt et vadehavsområde, der stort set minder om det, vi kender i dag – kystlinjen lå dog noget østligere. Men ude i havet lå mindre landområder tilbage. De kom siden til at udgøre grundkernen i flere af de vadehavsøer, vi kender i dag.
I de kommende århundreder ødelagde stormfloder flere store landområder. I 1634 ramte en voldsom stormflod, der ændrede kystlandskabet i Ho Bugt markant. Odden Langli blev således revet midt over, og Sønderside, et stort fiskerleje og Vestjyllands vigtigste handelsplads, blev delvist ødelagt, og mange druknede. Langli har siden fremstået som en ø i Ho Bugt. Under samme storm blev en op til otte meter tyk sandbanke aflejret et par kilometer vest for Langli, og i løbet af de kommende år blev sandbanken til halvøen Skallingen. Siden har et større marksområde etableret sig på læsiden.
Vadehavet er et af verdens vigtigste kystnære vådområder med enorme naturværdier. Det er levested for talrige dyre- og plantearter. Adskillige arter fra encellede organismer over, svampe, planter og dyr som orm, muslinger, østers, fisk, insekter, fugle til pattedyr lever her. Hver år lægger 10 til 12 mio. trækfugle turen forbi på gennemrejse fra ynglepladser i Skandinavien, Sibirien eller Canada til overvintringsområder i Vesteuropa eller Afrika og tilbage igen. I Vadehavet finder de tilstrækkelig næring til den lange tur på flere tusinde kilometer. De tre vadehavslande Danmark, Tyskland og Holland har etableret et samarbejde om natur- og miljøovervågning og kystbeskyttelse gældende for hele Vadehavet. Området har status som nationalpark i alle tre lande og er optaget på Unescos liste over verdens naturarv.